当然是吴佩孚
吴佩孚是由底层干起的真正的军人北洋代表人物，在北洋军讨伐护国军时便有了出色表现。总司令曹锟派遣时任北洋三师第六旅旅长吴佩孚率部先行入川。此时蔡锷将军的护国军势如破竹打下了整个贵州和川南，但吴佩孚刚到四川便多次击败护国军，取得泸州 纳溪一带的胜利，且多次将护国军逼入绝境。这体现了吴佩孚高超的指挥能力。
之后的曹锟不听劝告，孤军深入，结果被护国军围困，吴佩孚亲率几十名骑兵星夜奔驰，拼死力战，救出了曹锟。说明吴佩孚不仅指挥能力高超，且本人更是精通武艺骑术。
在第一次直奉大战中，张作霖亲率12万大军，兵分两路向关内直军发起进攻。此时的应战直军以吴佩孚为总司令，指挥了10万直军应战。吴佩孚从单兵素质 武器装备等方面分析了两军特点，调整战法之后，两军在长辛店 马厂等地激战后，奉军大败亏输，12万大军仅剩两万退回东北。这一战，吴佩孚沉着应战，指挥能力高超。更是受到了美国人的大力褒奖，被称为中国的最强者，成为第一个登上时代周刊的中国人。
在张作霖对奉军进行了两年的整军纪武之后，第二次直奉战争爆发，双方沿长城展开激战，此时奉军实力雄厚，猛将如云背后还有日本从军事，财政方面的支持。奉军探知九门口是直军薄弱区后，猛烈攻击，九门口失陷，正当吴佩孚调兵去救，双方展开拉锯战时，直军将领冯玉祥回师北京，发动政变，囚禁大总统曹锟，吴佩孚的部署被打乱，在他重新调整时，奉军将领张宗昌率部从冷口入关，阻断直军援兵，直军溃败，主力崩溃，阵地尽失，吴佩孚只好率残部乘军舰南遁。
此番战役的失败更多是冯的倒戈一击，加之直军庞大，内部分裂，南方的援兵被阻，以至溃败。此后吴佩孚虽又起家，但实力大不如前，虽然如此，但在北伐战争时却给北伐军造成了巨大阻力，在第四军开至两湖战场时，听闻贺胜桥由吴佩孚亲自镇守时，竟无人敢打头阵。唐生智的第八军勉强顶上后也被吴军合围，若非共产党员叶挺的独立团赶到，恐也难逃厄运。可见吴佩孚余威尚在。
其晚年拒绝日本的高官厚禄的拉拢，体现了其民族气节！！
首先要弄清楚军阀的定义，比较通俗的来讲，军阀就是在有国家存在的前提下，凭着武力割据一方的私人化军队领袖。
要定义军阀，要有三个要素：1、私兵；2、地盘；3、武力统治。
按照这三个要素去定义，袁世凯，蒋介石都不能称之为军阀。同时，孙中山也不能称之为军阀，因为孙中山从来就没有属于自己的军队。
能够称之为军阀的，应该是阎锡山、张作霖、段祺瑞、吴佩孚、张勋、冯玉祥、李宗仁、龙云、王家烈、唐继尧、陈炯明、孙传芳、刘湘、刘文辉、西北诸马、盛世才、张宗昌之类的人（民国年间，大小军阀很多，这是列举一部分实力比较强大的）。
那么在这些大大小小的军阀中，活跃时间最长的当属晋系军阀阎锡山，从1911年辛亥革命时阎锡山成为山西都督开始，到1949年逃亡台湾结束，阎锡山统治山西长达38年之久，完整的贯穿了整个民国时代。阎锡山能够统治山西这么长的时间，自然也是有他的过人之处。说实话，阎锡山的部队在所有军阀中，战斗力算不上一流水平。但是阎锡山很好的利用了山西比较封闭的地形，易守难攻的特点，稳稳的守住了山西。
民国年间军阀混战，战乱四起，阎锡山很少主动和别的大军阀争个你死我活，而是坐山观虎斗，有便宜就上，没有便宜就把自己的大门守好，我也不去打你，你也别来打我，谁最强大，我就依附谁（当然，中原大战是个例外）。
应该来说，阎锡山对于山西的经营是非常用心的，在他的统治下，山西是战乱较少的一个地区，为山西赢得了短暂的和平，工业和经济都取得了一定的发展。
而且，阎锡山在山西也实施了一系列的政策，还算是比较得民心。所以，哪怕是在中原大战之后，阎锡山还是能够很快东山再起，重新掌控山西。蒋介石终其一生，也没能将自己的势力伸到阎锡山的地盘。
如果说阎锡山是活跃时间最长的军阀，那么张作霖则可以算的上最传奇的军阀。张作霖马匪出身，一步一步的爬到了“东北王”的位置，这个经历本身就是相当传奇了。更何况，张作霖通过两次直奉战争击败直系军阀，成为北洋政府的最后一任统治者，成功的将自己的势力范围扩张到了关内，特别是1925年，张作霖的兵锋直抵江淮，势力伸到了上海地区，达到全盛时期。
虽然张作霖的奉系和直系、皖系一起并称为北洋三系。但实际上，直系和皖系都是继承了袁世凯的北洋新军，而张作霖的奉系则是实打实的靠自己成长起来的。
日本人一直对东北虎视眈眈，张作霖一方面和日本人合作，壮大自己的势力，一方面有遏制日本对东北的渗透。在张作霖活着的时候，东北绝大部分地区都在张作霖的统治下之下。日本人没有办法，不得不策划了皇姑屯事件，炸死了张作霖，这才完全侵占了东北。
如果张作霖不死，日本想要靠2万关东军发动918事件，那是万万不可能的。
以上两位，便是个人认为民国时期比较的两位军阀，也仅代表个人意见，同时也欢迎大家讨论！